日本腦炎僅分佈在亞洲。在我國疫區分佈在蘭州---長春連線以南的廣大的地區內，僅東北北部、青海、新疆及西藏等地未見本病報告。
本病有嚴格的季節性80～90%的病例都集中在7、8、9三個月內。但隨地理環境的不同，流行季節略有上下華南地區的流行高峰在6～7月，華北地區為7～8月，而東北地區則為8～9月，均與蚊蟲密度曲線相一致。
氣溫和雨量與本病的流行也有密切關係。日本腦炎呈高度散發性，同一家庭同時有兩個患者罕見。
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