根據衛生署疾病管制局，截至2012/6/20統計報告，2012年第1-24 週止，臺灣目前已有15例日本腦炎(Japanese Encephalitis)確定病例(台南市7例、高雄市4例、嘉義市2例、嘉義縣1例、屏東縣1例)，民眾必須密切注意此疫情發展，因為比較2011年同期，病例有明顯增多趨勢。以高雄市為例，第24 週(6/10-6/16)便新增三例；4名病例主要分佈於大寮、鳥松與楠梓。
2012年五月高雄市出現今年首例本土型日本腦炎確定病例，個案為64歲男性，居住於高雄市大寮區。患者於5月16日開始出現頭痛、發燒、全身無力等症狀，5月19日出現行動及反應遲緩，5月20日因意識混亂被送至醫院求治，經採檢送驗診斷為日本腦炎。該患者於5月26日因出現呼吸急促等危急症狀，給予插管呼吸器輔助呼吸，意識狀況呈現昏迷，於加護病房照護。目前病情趨於穩定，仍住院觀察中。
日本腦炎係感染日本腦炎病毒引起的急性腦膜腦炎，受損部位包括腦、脊髓及腦膜。三斑家蚊、環紋家蚊及白頭家蚊為傳染媒介。流行季節主要集中於每年5至10月，亦即春末夏季之時。病毒在豬隻身上繁殖，經由病媒蚊叮咬豬隻後，再叮咬人體造成感染。病媒蚊的感染大部分來自豬，蚊子一旦被感染則終生具感染力。流行期的傳染窩以豬、鳥類及病媒蚊成蚊為主，人不會傳染給人。
臺灣流行季節主要在每年5至10月，病例高峰通常出現在6～7月。各縣市均曾有確定病例發生，流行地區遍及全臺灣，但近10年來，病例主要還是集中在臺灣中區與南區，約占全臺確定病例數之5成，另有2成在高高屏地區。
患者大部分為無症狀感染，少數人會有發燒、頭痛或嘔吐等腦膜炎症狀，有些人則伴隨意識改變、抽搐、肢體麻痺或性格異常等症狀。其致死率約為5～60％，存活個案常有嚴重的神經性或精神性後遺症，對健康造成極大危害。通常小孩及老人感染後較容易發生臨床症狀，其他年齡層則較多不顯性感染。病患預後不佳，呈現致死率高或留有嚴重後遺症的情況。本症需要靠實驗室病毒培養或血清學診斷。
患者通常在經過5～15天的潛伏期後出現臨床症狀，其典型的病程演進可分為四個時期。前驅期(2～3天)：前驅症狀發作快，主要出現頭痛、噁心、嘔吐、食慾不振、精神不安、發燒或輕微呼吸道感染症狀。急性期(3～4天)：高燒、部分兒童呈現抽筋症狀，伴隨腦膜刺激現象、頸部僵硬、四肢僵硬、深部及淺部反射異常、震顫、言語困難、小腦性的共濟官能喪失、神智不清、對人時地不能辨別、甚至昏迷或死亡。亞急性期(7～10天)：中樞神經的侵犯較緩，部分病例仍有生命危險。患者照護上另需注意吸入性肺炎、尿路感染、褥瘡等問題。恢復期(4～7週)：大部分存活病例的神經功能缺損仍存在，其中包括四肢僵硬、無力、腦神經及錐體外徑路的異常。
日本腦炎臨床過程與預後變化較大，恢復期較長。其產生的神經性後遺症包括不正常肌張力、語言障礙、運動肌無力等。精神性後遺症以脾氣暴躁、性格不正常為主，智力不足則常發生在年輕的小孩。
目前日本腦炎尚無特殊藥物治療，依病情予以適當支持性療法。因此預防勝於治療，除了避免蚊子叮咬外，注射疫苗仍為最好的選擇。
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