強直性脊椎炎除了會影響關節外，亦可能引致以下的併發症：
- 肺部病變：如果病情沒得到控制，令胸腔出現變形，在呼吸時便無法活動，因而限制了肺部的擴展，影響正常呼吸，病人會出現咳嗽的情況。另外少數病人可能會出現肋膜炎、肺纖維化等。
- 虹膜炎：部分病人有機會併發虹膜炎，出現紅眼、畏光、紅腫充血及視野模糊等病徵。如果病情進一步惡化，有機會引致黃斑水腫，或造成眼壓升高而導致青光眼，嚴重的話更有可能導致失明。
- 心血管病變：強直性脊椎炎有機會引起心瓣膜病變，導致主動脈瓣閉鎖不全或心房纖顫等疾病。
- 腸道炎：部分病人會出現腸道黏膜潰瘍，經常出現腹痛、腹瀉及大便黏液帶血等情況。
- 腎炎：少數病人會出現A型免疫球蛋白腎炎，出現輕微血尿。
