鼻咽癌的病因目前還不十分清楚，由於鼻咽部的鼻倥、口腔相通，輕易受到外界環境的影響，如長期接觸某些化學致癌物（農藥、苯煤焦油、機油和級煙等），這些致癌物質直接刺激鼻粘膜，如廣東人從小的時候就喜歡吃鹹魚、醃肉等。近年來發現鼻咽癌與一種皰疹病毒（ＥＢ病毒）肖很密切的關係，這是由於在大多數患者有鼻咽癌的病人血清中含有高效價的抗ＥＢ病毒的抗體。其致癌的機理尚不明確。據調查遺傳因素，在鼻咽癌的發病率上起到一定的作用，有的患乾的兄弟、姐妹或父母也患鼻咽癌，亦有孿生兄弟相繼患鼻咽癌。
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