要診斷幽門螺旋菌帶菌，主要分為內窺鏡抽取組織化驗、吹氣測試和血清抗體測試三種。內窺鏡檢查除了可抽取組織化驗之外，更可同時觀察食道、胃及十二指腸的情況，準確診斷有否發炎或其他疾病如息肉及胃癌等。也可於需要時一併進行治療，如息肉切除及止血等。
C13吹氣測試(Urea Breath Test)主要是比對測試者在服用測試藥物前後二氧化碳濃度變化，來判斷是否帶有幽門螺旋菌。至於血清抗體測試如呈陽性反應，只表示曾經或正受感染而產生抗體。而胃內有否發炎、潰瘍或腫瘤則仍需要進一步檢查確認，所以實用性較前二者為少。
治療幽門螺旋菌的方法為藥物治療。一般以質子泵抑劑合併兩種抗生素為主，醫生會處方7至14日的藥物給患者，以殺死幽門螺旋菌。一般幽門螺旋菌被完全消滅後，再感染機會極低。但由於種種因素，如漏服，或用藥劑量不足，幽門螺旋菌的抗藥性正慢慢增強。
部分病人可能需要用更強力的二線抗生素，又或者增長藥物服用時間或改變藥物的組合以達致滅菌的目的。患者最好能於完成整個療程後四到六星期再作吹氣測試，以證實幽門螺旋菌被徹底消滅。
