近年成為女士去皺恩物的Botox（肉毒桿菌），對治療長期偏頭痛也有功效。美國科學家綜合分析27項相關研究數據，其中4項研究比較Botox與其他偏頭痛的療效，發現Botox對改善較嚴重偏頭痛效果最顯著，研究顯示每月發作超過15次的患者，注射Botox後可將發作次數減至兩次；但若每月發作次數不多，Botox的效果不明顯，也沒有預防偏頭痛的功效。
接受Botox改善偏頭痛的患者，需在頭部25至30個位置進行低劑量注射，每隔三個月治療一次，以保持療效；患者多數是嘗試多種傳統治療無效後，才參與Botox治療，但也有人因不能忍受注射痛楚而放棄治療。
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