男童容易患上自閉症相信與基因差異有關。瑞士一項研究對16,000個樣本進行詳細基因分析及排序，當中有健康正常人士的樣本，及包括自閉症的神經發育障礙（Neurodevelopmental disorders）患者的樣本。研究發現女童出現與自閉症相關的神經發育基因異常比例較低，或異常的程度較輕微，容易透過後天的環境因素或習慣適應，故患上自閉症的風險較低。
醫學界推算自閉症的男女患者比例為4比1，但研究顯示女童若出現較明顯的神經發育基因異常，問題會遠比男童嚴重，她們若罹患自閉症，隨時出現較嚴重的症狀，治療相對較難。
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