病人在接受化學治療或放射治療後，可能有不同的副作用，包括：
- 肛門四周疼痛
- 刺激大腸蠕動，導致腹瀉
- 膀胱發炎造成尿頻和小便刺痛
- 陰道縮小，造成行房困難或不適
- 男性不舉
- 疲倦
- 接受放療部位的皮膚會疼痛、毛髮脫落
- 嘔心、嘔吐
- 聽力減弱
- 手腳刺痛或麻痺
以上副作用大部分能夠用藥物紓緩，療程結束後會逐漸消失。不過放射治療亦可能對大腸和膀胱造成永久性的影響，令大腸增加蠕動、腹瀉持續，或者經常尿頻。大腸和膀胱內的血管在放射治療後，也可能變得脆弱，造成大小便時帶血。這現象有可能在接受放射治療數月或數年後才發生，病人應盡快告訴醫生，進行檢查和治療。
如果需要對骨盆進行放射治療，也可能對性生活或生育造成長期影響。
