真菌性角膜炎有植物性外傷史，起病緩慢，根據病史和角膜病灶特徵(角膜潰瘍麵灰白色輕度隆起，外觀乾燥無光澤。
真菌性角膜炎感染灶周圍有偽足、衛星灶、周圍的環行浸潤等)即可做出初步診斷;
確切診斷有賴於角膜刮片查真菌和作真菌培養;
常見的角膜炎為細菌性角膜炎，細菌性角膜潰瘍常有角膜創傷和戴鏡史，一般起病急驟，若不及時治療，很快會發生角膜潰瘍甚至角膜穿孔。
由於真菌性角膜炎容易誤診，常因治療不當而導致失明。因此，眼睛出現不適時應盡快到正規醫院就診。
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