病原體是單純皰疹病毒(Herpessimplexvirus,HSV)。單純皰疹病毒,是一種DNA病毒,單純皰疹病毒可分為Ⅰ型(HSV-1)及Ⅱ型(HSV-2)兩種。
兩者的抗原性不同,即說明它們的結構不同,所產生的抗體也是不同的,所以患口角皰疹的患者並不能對生殖器皰疹有免疫性。HSV-1主要引起口唇部皰疹(俗稱熱瘡),然而HSV-2主要引起生殖器皰疹,但兩者也可交叉。90%的生殖器皰疹病例由HSV-2型感染引起,只有10%患者是由HSV-1型感染引起。由HSV-1型引起的症狀較輕,易於治療。
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