肛裂與肛門壓力過大有關，故放鬆肛門括約肌是治療方法之一。現時治療肛裂的藥物包括三硝酸甘油脂軟膏、鈣通道阻滯劑或於肛門肌肉注射肉毒桿菌毒素（Botox）。香港港安醫院外科專科醫生關添樂表示，肉毒桿菌素可令肛門肌肉不會不自主地收縮，從而減低壓力，令血液容易流到患處，增加裂口癒合的機率；此療法成功率約有80%。
他表示，若用藥無效的病人便需接受手術治療，也有醫生會替病人進行麻醉檢查，若確定是罹患肛裂時，可一併進行手術。他強調，檢查確定病人肛門痛楚來源相當重要，曾有一名30歲病人，乘長途機後肛門劇痛，最初疑與肛裂有關，檢查後證實是肛門括約肌附近組織膿腫所致，而非裂口導致，患者接受引流手術清除膿腫後康復。
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