流腮腦膜炎、腦膜腦炎多發生於腮腺腫大後第十病日內(65%一70%)。約25%病例與腮腫同時發生，少數病例(5%一8%)在腮腫前發生。以3─10歲組發病率最高(80%以上)。起病突然，主要症狀為發熱(90%一95%)、頭痛(85%一100%)、嘔吐(70%一90%)。有人認為反覆的嘔吐是流腮合併腦膜炎的典型症狀之一。大部分患者嘔吐1─2天或3─5天就停止，少數人可持續10─12天，若有腦實質損害，伴有神志改變，同時有腦膜炎徵候，可考慮為腦膜腦炎。
主要體徵為腮腺及頜下腺腫大、腮腺管口紅腫、頸部抵抗、克氏征及巴氏征陽性，少數患者可出現眼球震顫、共濟失調、下肢肌力減退等。
腦脊液檢查外觀清亮，壓力正常或稍高，白細胞數增高，多數在300─500/立方毫米，偶可超過1000─2000個，早期中性細胞增多。從第二病日以後，以淋巴細胞為主，有時可達80%一100%。蛋白含量稍高，糖及氯化物正常。以上變化若在腮腺腫大前不易作出病原診斷，從腦脊液分離病毒是最可靠的診斷依據。近年來，用酶聯免疫吸附測定法檢測腦脊液特異性免疫球蛋白M抗體可協助確診本病。
流腮的中樞神經系統損害，在起病初期是由流腮病毒直接引起。在病毒血症的基礎上，病毒通過血腦屏障損害中樞神經系統。發生損害的機會與病毒血症程度及持續時間成正比。部分腦膜腦炎有發生在病後l一2周甚至1個月後，其發病機制可能是神經過敏反應或自身免疫反應所致。
為了降低發病率，減少併發症，患者應早期隔離，適當休息，一旦出現神經系統症狀應積極採取治療措施。
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