一個完整的特洛伊木馬套裝程式含了兩部分：服務端（伺服器部分）和用戶端（控制器部分）。植入對方電腦的是服務端，而駭客正是利用用戶端進入運行了服務端的電腦。運行了木馬程式的服務端以後，會產生一個有著容易迷惑用戶的名稱的進程，暗中打開埠，向指定地點發送資料（如網路遊戲的密碼，即時通訊軟體密碼和用戶上網密碼等），黑客甚至可以利用這些打開的埠進入電腦系統。
特洛伊木馬程式不能自動操作，一個特洛伊木馬程式是包含或者安裝一個存心不良的程式的，它可能看起來是有用或者有趣的計畫(或者至少無害)對一不懷疑的用戶來說，但是實際上有害當它被執行。特洛伊木馬不會自動執行，它是暗含在某些用戶感興趣的檔中，用戶下載時附帶的。當用戶執行檔程式時，特洛伊木馬才會運行，資訊或檔才會被破壞和遺失。特洛伊木馬和後門不一樣，後門指隱藏在程式中的秘密功能，通常是程式設計者為了能在日後隨意進入系統而設置的。
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