這是一條一九零六年初動工，香港線全長35.4公里的火車隧道。英段鐵路最初的軌距為0.61米，但在全線工程完成後不久便改用1.435米軌距之標準路軌。
筆架山隧道是主要一條較長的隧道，在開始到完工其間已有超過50名工人死於隧道內。
最後，鐵路於一九一零年十月一日完成，開放與市民使用。當時由九龍總站開始，沿線只有五個站，包括油麻地、沙田、大埔、大埔墟旗站及粉嶺。當時使用率不高……但經常傳出隧道內有鬼……
一九四一年末，太平洋戰爭爆發，九廣鐵路英段肩負著運送軍用物資的重任，而戰爭亦令多處鐵路設施遭破壞。在戰爭結束後，香港及九龍有大量的屍體，為了運送大量的屍體，政府於是在粉嶺至和合石墳場建築一條支線，但經過筆架山隧道時經常有屍體不見。最後，這條支線亦在每年清明節提供往和合石之火車服務。但此支線在1975鐵路電氣化後停用並拆毀。而同時雙軌鐵路鋪通筆架山隧道，接駁九龍塘與大圍。
舊畢架山火車隧道雖然已經停用，但是，現在到舊畢架山火車隧道口都會聽到有人哭泣的聲音，有朋友甚至看見裡面有人走過。
