破壞生理時鐘可削弱免疫力。美國一項研究顯示，生理時鐘操控着一個名為TLR-9的基因，此基因在免疫系統中發揮對抗細菌與病毒入侵的重要作用，科學家在老鼠實驗中發現，當老鼠的TLR-9處於最活躍、最高水平時，對疫苗的反應最理想，免疫系統抵抗炎症的能力也最高。
研究顯示當老鼠可以正常作息，即日間活動、晚間休息，TLR-9的活躍度可處於最佳水平，但當要日夜顛倒時，TLR-9便會沉寂。
科學家指出很多人以為經常輪班工作，睡眠時間顛倒的人免疫系統才會受影響，其實時常要搭長途機的人士，甚至機組人員，也會因飛行時差擾亂生理時鐘，干擾TLR-9的活動。
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